L’Oqali, anciennement "Observatoire de la qualité de l’alimentation", a été proposé dans le cadre du deuxième Programme national nutrition santé (PNNS 2). Il s'inscrit aussi dans le cadre de la fiche « Agir sur l’offre alimentaire » et s’appuie sur l’avis n°51 du CNA (Conseil National de l’Alimentation) du 19 mai 2005.


Sa mise en place fait suite aux résultats de l'étude de faisabilité et de préfiguration réalisée par l'INRA (unité ALISS, « Alimentation et Sciences Sociales ») et par l'Afssa (unité CIQUAL, « Centre d’Information sur la Qualité des Aliments ») courant 2007.


L'Oqali a été créé en février 2008 par les ministères en charge de l’agriculture, de la santé et de la consommation, qui en ont confié la mise en oeuvre à l’INRA (Institut national de la recherche agronomique) et à l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail).


L'Oqali est désormais intégré dans l'Observatoire de l'Alimentation, instauré par la loi de modernisation de l'agriculture et de la pêche du 27 juillet 2010 et inscrit dans le cadre du Programme National de l'Alimentation (PNA).
Le décrêt n°2011-778 du 28 juin 2011 prévoit trois sections distinctes au sein de l'Observatoire de l'Alimentation :
- une section nutritionnelle chargée des questions relatives à l'offre et aux caractéristiques des aliments (Oqali),
- une section sanitaire,
- une section sur la sociologie et l'économie de l'alimentation.

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